Sefydlwyd Llanfair-ym-Muallt gan y Normaniaid pan adeiladodd Phillip de Braose Gastell tomen a Beili pren ar bwynt uchel oedd yn edrych dros fan croesi hynafol yr afon Gwy.
Ailadeiladodd Edward I y gaer Normanaidd gynnar fel castell carreg yn 1277, ond yn anffodus, nid oes unrhyw olion o’r castell, ar wahân i’r safle, wedi goroesi. Tyfodd y dref yng nghysgod y castell hwnnw, a chymryd ei enw gan yr eglwys oedd wedi’i chysegru i’r Santes Fair, a sefydlwyd y tu hwnt i furiau’r castell, a dod i gael ei hadnabod fel Llanfair-ym-Muallt - eglwys y Santes Fair yng Nghantref Buellt.
Pan gyrhaeddodd y Pla Du Llanfair-ym-Muallt yn y 1350au, dywedwyd fod pobl oedd yn byw yn yr ardal amgylchynol yn gadael bwyd a nwyddau i bobl y dref ar lannau nant oedd i’r gorllewin o’r dref. Yn eu tro, roedd trigolion Llanfair-ym-Muallt yn taflu arian i dalu am y nwyddau i’r nant er mwyn ceisio atal y pla rhag lledaenu. Mae’r nant honno’n cael ei hadnabod hyd heddiw fel “Nant yr Arian”.
Adeiladwyd pont newydd ar y safle presennol yn 1779, ac ynghyd â datblygu’r ffordd newydd oedd yn cysylltu gogledd a de Cymru yn y 1820au, arweiniodd hyn at dwf sylweddol y dref. Mae mwyafrif tref Llanfair-ym-Muallt a welir heddiw yn dyddio o’r cyfnod Fictoraidd ac Edwardaidd, pan ddaethpwyd o hyd i’r ffynhonnau iechyd yn yr ardal, a roddodd fywyd newydd i’r dref.
Mae’r cofnod cyntaf oedd yn cyfeirio at ddŵr mwyn Llanfair-ym-Muallt yn dyddio o gyn belled yn ôl â 1740. Serch hynny, yn dilyn datblygiad Park Wells gyda’i ddŵr halen a’r Glanne Wells gyda’i sylffwr yn y 1830au y daeth Llanfair-ym-Muallt i’r amlwg fel tref ffynhonnau. Ganed diwydiant twristiaeth yn ystod ail hanner y bedwaredd ganrif ar bymtheg, gyda nifer fawr o ymwelwyr yn dod i ‘yfed y dŵr’. Cafodd y diwydiant hwn hwb pellach gyda dyfodiad y rheilffyrdd yn 1860. Bryd hynny yr ychwanegwyd y ‘Wells’ at enw Saesneg y dref - Builth Wells.
Erbyn heddiw, mae Llanfair-ym-Muallt yn dref farchnad ddiddorol, sy’n croesawu’r Sioe Fawrym mis Gorffennaf bob blwyddyn, a nifer fawr o sioeau a ffeiriau bach eraill trwy gydol y flwyddyn. Mae’n lle gwych i fynd ati i archwilio cefn gwlad hardd yr ardal – ar droed neu ar gefn ceffyl – ac ar gyfer treiddio i hanes tywysog olaf Cymru, Llywelyn ein Llyw Olaf, a gafodd ei lofruddio y tu allan i Lanfair-ym-Muallt yn Rhagfyr 1282.
Mae cofeb drawiadol i Lywelyn i’w chael yng Nghilmeri, lle bu farw, ddeng munud mewn car o’r dref.